Bioinformatics: Challenges in Integrating Biological Information

Bioinformatics has become a buzzword in today's world of science. About twenty or thirty years ago, people saw biology and computer science as two completely different fields. However, at present, it seems that a new bridge has been built that connects these two fields, and this new field is called bioinformatics. Bioinformatics is an challenging and exciting new multidisciplinary field. This field combines methods of statistics, mathematics, computer science and information technology to solve problems based on biological data. Advances in experimental technology have generated large amounts of data. Therefore, managing and extracting useful information from these sources is essential if we are to discover new knowledge to advance our understanding of life. In this article, we try to discuss what is bioinformatics?, The basic knowledge needed to understand bionformatics and the reasons that are very important for biologists to learn and apply bioinformatics. In addition, we also discuss an introduction to biological terminology that will be widely used in the field of bioinformatics. We are confident that this review will provide valuable insights and serve as a starting point for researchers to become acquainted with and study bioinformatics.

PENGARUH PEMBERIAN DOSIS PUPUK UREA TERHADAP PERTUMBUHAN TANAMAN KANGKUNG DARAT (Ipomoea reptans Poir)

Kangkung merupakan salah satu jenis sayuran yang banyak ditemukan di Indonesia. Kandungan utama yang terdapat di dalam sayur kangkung adalah zat besi yang berguna untuk pertumbuhan dan kesehatan tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pemberian berbagai dosis pupuk urea terhadap pertumbuhan tanaman kangkung dan mengetahui dosis pupuk urea yang tepat untuk pertumbuhan tanaman kangkung. Penelitian ini menggunakan metode Rancangan Acak Lengkap (RAL) yang terdiri dari 4 perlakuan yaitu U0 (Kontrol) = 0 gr urea/ polybag, U1 = 0,5 gr urea/polybag, U2 = 1 gr urea/polybag, dan U3 = 1,5 gr urea/polybag dengan 4 kali pengulangan pada masing masing perlakuan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan yang nyata pada pertumbuhan tinggi tanaman dan jumlah helaian daun      tanaman kangkung pada dosis U0 (Kontrol) dengan perlakuan U3. Untuk pengamatan pertumbuhan tanaman kangkung pada berbagai dosis pupuk urea didapatkan hasil pengukuran rata-rata pertumbuhan dapat dilihat pada 7 HST untuk perlakuan U0 (Kontrol) didapatkan tinggi batang yaitu 22,8 cm, dan helaian daun 45. Tinggi tanaman  pada perlakuan U3 didapatkan hasil tinggi tanaman 21,6 cm dan jumlah helaian daun 50. Pengamatan pertumbuhan tanamn kangkung pada hari ke 29 HST didapatkan hasil rata – rata pertumbuhan tanamn kangkung, pada perlakuan U0 (Kontrol) didapatkan hasil tinggi tanaman 140,08 cm, dan jumlah helaian daun 83,75. Sedangkan pada perlakuan U3 didapatkan hasil rata – ratatinggi tanaman 182,025 cm dan jumlah helaian daun 102,5. Kata kunci: tanaman kangkung, dosis, pupuk ure

PENGEMBANGAN BUKU AJAR TEKNIK LABORATORIUM BIOLOGI DENGAN MENGGUNAKAN MODEL DICK AND CAREY

Kendala utama pada pembelajaran teknik laboratorium biologi adalah masih terbatasnya buku pedoman/ referensi yang bisa digunakan sebagai acuan. Kondisi ini tentunya akan memunculkan kesulitan tersendiri bagi dosen dalam menentukan prioritas materi yang perlu disampaikan. Sehingga akan berimplikasi pada tingkat pemahaman peserta didik dan pencapaian tujuan pembelajaran. Pengetahuan yang diperoleh dari mata kuliah teknik laboratorium dapat berperan secara optimal jika didampingi dan dibantu dengan adanya buku ajar. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan buku ajar teknik laboratorium biologi. Penulisan buku dilakukan dengan menggunakan model Dick and Carey. Materi dikembangkan dari tulisan sendiri, transformasi teks ataupun kompilasi dari berbagai informasi. Untuk mengetahui kualitas dan efektivitas buku yang telah disusun, selanjutnya dilakukan uji validitas yang melibatkan ahli materi pelajaran, ahli desain pembelajaran serta mahasiswa yang akan menjadi pengguna buku. Berdasarkan hasil validasi dari ahli materi dan ahli desain pembelajaran buku ajar teknik laboratorium biologi yang disusun memiliki kualitas baik dengan nilai rata-rata 80,56. Sementara pada uji efektivitas memiliki nilai rata-rata 85,47 dan buku ini layak digunakan dalam pembelajaran

Konstruksi Primer Untuk Mendeteksi Mutasi Gen rpoB Mycobacterium tuberculosis Dengan Metode Amplification Refractory Mutation System (ARMS)-PCR

Quickly recognize drug resistance in Mycobacterium tuberculosis is very important for the efficiency of the treatment and control of the disease. More than 95% of RIF resistance occurs due to point mutations in the 81-bp region of the rpoB gene M. tuberculosis. Generally, the mutation occurs at codon 531, 526 and 516. One of method to detect the mutation is using ARMS-PCR. In order to apply the ARMS-PCR technique to detection of mutations needed a special and specific primer. Primer design process using computer software "Primer Designer" and the specificity was confirmed with "Bioedit". Accuracy and ability of all these primers to detecting mutation in rpoB gene M. tuberculosis tested using ARMS-PCR method. PCR amplification results were then analyzed using the techniques of electrophoresis on agarose 1.5%. Electrophoresis results showed two bands produced from the amplification with the template H37RV (wild type). Both bands are expected to be in a position 238 bp and 484 bp, in the other hand the result amplification with the template from mutant strains produce one band with sized 484 bp. From these data it is known that ARMS-PCR reactions are performed can be used to detect mutations in the rpoB gene of M. Tuberculosis

ENUMERATION AND PATHOGENICITY TEST OF Vibrio Sp ON Green Mussels (Perna viridis) FROM THE KRUENG CUT AREA OF ACEH BESAR

Kerang hijau (Perna viridis) merupakan jenis biota memiliki kandungan zat gizi yang baik untuk dikonsumsi dan nilai ekonomis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan bakteri Vibrio sp., melakukan enumerasi total koloni dengan metode Total Plate Count dan uji patogenitas Vibrio sp. dengan media Blood Agar plate (BAP). Isolasi dengan menggunakan media selektif Thiosulfate Citrate Bile Salts (TCBS) diperoleh 16 isolat. Hasil uji biokimia TSIA (Triple Sugar Iron Agar), uji MRVP (Methyl Red Voges- Proskauer), uji katalase, uji oksidasi, uji SIM (Sulfide Indole Motility) dan Uji Simmon Citrat, menunjukkan isolat Vibrio sp. memiliki kemampuan yang berbeda dalam menghidrolisis media pengujian. Enumerasi total koloni VP10 dengan jumlah 4,63 x 102 Cfu/g sedangkan hasil terendah yaitu isolat VP14 yang diperoleh dengan TPC adalah 2,36 x 102 Cfu/g.. Hasil pengujian patogenitas 16 isolat bersifat patogen karena memiliki kemampuan melisiskan darah yang terdapat didalam media Blood Agar Plate dan bersifat beta hemolisis

Variasi Morfometrik, Hubungan Panjang Bobot dan Faktor Kondisi Ikan Famili Holocentridae yang Didaratkan di Pelabuhan Perikanan Samudra (PPS) Lampulo, Banda Aceh

Understanding of morphometric variation, length-weight relationship, and condition factors needed to support fishery resources management and conservation. Therefore, this study aimed to determine the morphometric variation, length-weight relationship, and condition factors of the Holocentridae family landed at the Lampulo Ocean Fishing Port, Banda Aceh. A total of 50 each of the four species of fish (Myripristis berndty, Myripristis murdjan, Sargocentron tieroides and Sargocentron caudimacullatum) were collected during April 2020. Fish samples were obtained from the catch of fishermen who landed at the Lampulo Ocean Fishing Port, Banda Aceh. The parameters analyzed included morphometric variations (12 characters), length and weight frequency distribution, length-weight relationship and condition factors. The results showed that the genus Myripristis had more distinguishing characters than the genus Sargocentron, namely 50.00% and 16.66%, respectively. Myripristis berndty and Myripristis murdjan have 5 distinguishing characters (SL, HL, CPL, HD, PFL and VFL), while Sargocentron tieroides and Sargocentron caudimacullatum only have 2 distinguishing characters (SnL and PFL). The Myripristis genus that were collected tended to more length and heavier compared to the genus Sargocentron. The four spesies of Holocentridae studied had a negative allometric growth pattern (b<3) with condition factor values ranging from 0.787 to 1.417.Pemahaman terkait variasi morfometrik, hubungan panjang bobot dan faktor kondisi sangat diperlukan dalam rangka pengelolaan dan konservasi sumberdaya perikanan. Oleh karenanya, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi morfometrik, hubungan panjang bobot serta faktor kondisi dari ikan Famili Holocentridae yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Lampulo, Banda Aceh. Sebanyak masing-masing 50 ekor dari empat jenis ikan (Myripristis berndty, Myripristis murdjan, Sargocentron tieroides dan Sargocentron caudimacullatum) dikoleksi selama bulan April 2020. Sampel ikan diperoleh dari hasil tangkapan nelayan yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Lampulo, Banda Aceh. Parameter yang analisis meliputi variasi morfometrik (12 karakter), selang kelas, hubungan panjang bobot dan faktor kondisi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genus Myripristis memiliki karakter pembeda yang lebih banyak dibandingkan dengan genus Sargocentron yaitu masing masing sebesar 50.00% dan 16.66%. Myripristis berndty dan Myripristis murdjan memiliki 5 karakter pembeda (SL,HL, CPL, HD, PFL dan VFL), sedangkan Sargocentron tieroides dan Sargocentron caudimacullatum hanya memiliki 2 karakter pembeda (SnL dan PFL). Genus Myripristis yang dikoleksi cenderung memiliki ukuran panjang total dan bobot total yang lebih rendah dibandingkan dengan genus Sargocentron.  Keempat jenis yang diteliti dalam penelitian ini memiliki pola pertumbuhan alometrik negatif (b<3) dengan nilai faktor kondisi berkisar antara 0.787 hingga 1.41

Identifikasi Cendawan Pada Biji Kacang (Vigna Radiata L.) Hijau dengan Menggunakan Metode Blotter Test

Kacang hijau (Vigna radiata L.) merupakan jenis kacang-kacangan yang paling banyak dikonsumsi oleh masyarakat Indonesia. Produksi kacang hijau yang dicapai petani masih terbilang rendah. Salah satu faktor yang menyebabkan rendahnya hasil produksi kacang hijau adalah serangan penyakit. Serangan penyakit pada biji kacang hijau dapat disebabkan oleh bakteri, virus dan cendawan. Sebagian besar biji kacang hijau disimpan dalam karung yang terikat dan disimpan didalam gudang, maka kondisi suhu yang tidak sesuai akan menyebabkan cendawan tumbuh dan melekat pada biji kacang hijau. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode blotter test. Metode blotter test adalah salah satu metode isolasi yang mengkondisikan agar cendawan dapat tumbuh pada kertas saring (blotter). Keuntungan dari metode blotter test yaitu cara pengerjaannya yang praktis dan dapat mengidentifikasi cendawan terbawa benih. &nbsp;Hasil yang didapatkan pada hari ke-7 yaitu cendawan Fusarium sp. dan Rhizoctonia solani

Tinjauan Karakteristik Batubara Asal Sulawesi Tengah Dan Pengaruhnya Dalam Proses Konversi Menjadi Bahan Bakar Cair

Karakteristik batubara seperti calorie value, proximate, ultimate, kandungan maseral dan mineral memiliki pengaruh yang cukup signifikan pada proses konversi batubara peringkat rendah menjadi bahan bakar cair. Tinjauan ini bertujuan untuk mengkaji karakteristik batubara asal Sulawesi Tengah yang terdiri dari kabupaten/kota seperti Donggala, Sigi, Morowali, Buol dan Banggai Kepulauan terhadap kinerja proses konversi menjadi bahan bakar cair melalui metode piolisis. Metodologi penelitian, yaitu melakukan review terhadap literatur yang relevan dengan karakteristik batubara asal Sulawesi Tengah dan pengaruhnya terhadap proses konversi menjadi bahan bakar cair. Berdasarkan karakteristik berupa calorie value, proximate, ultimate, kandungan maseral dan mineral dari batubara asal Kabupaten Banggai Kepulauan menunjukkan karakteristik sebagai batubara terbaik asal Sulawesi Tengah untuk dikonversi menjadi bahan bakar cair melalui metode pirolisis. Dengan, karakteristik batubara, yaitu: (1) calorie value berada pada interval 5.600-5.700 kkal/kg; (2) proximate, yaitu: moisture 4,77%; volatile matter 42,67%; fixed carbon 38,06%; ash content 12,45%; dan total sulfur 2,05%; (3) ultimate, yaitu: karbon 65,33%; hidrogen 4,55%; nitrogen 1,64%; sulfur 2,54%; dan oksigen 25,94%; (5) komposisi maseral dan mineral, yaitu vitrinit 86,85%; inertinit 0,45%; liptinit 1,45%; clay 7,90%; Fe Oksida  2,10%; dan pirit 1,25%

Karakteristik Batubara Peringkat Rendah Formasi Bobong dan Implikasinya Terhadap Coal Liquefaction

This research was conducted on the Bobong Formation coal in the form of geochemical analysis. The Bobong Formation is geologically located in the Banggai Sula Basin, Pulau Taliabu Regency, North Maluku Province. The study focused on low rank coal on the liquefaction process. Sampling locations are carried out in each coal outcrop near the river channel north of Taliabu Island. Sampling is done by the ply by ply method. Sampling is done at several points of observation in the form of a station. Coal sample analysis is carried out in the form of proximate and ultimate. The coal liquefaction experiment through the pyrolysis method with assisted microwave was carried out with raw material in the form of 300 g of 20 mesh coal, 3 g active carbon catalyst, temperature of 600 C, vacuum pressure (-3 mmHg) and 600 watt microwave power. These problems are focused on the influence of low rank coal geochemistry of the Bobong Formation in the Banggai Sula Basin on coal liquefaction and the behavior of coal liquefaction on changes in time variables. The physical and chemical characteristics of coal in coal content are ash (16.36%) adb, inherent humidity (8.19%) adb, volatile substances (22.21)%) adb and fixed carbon (48.60% ) adb, hydrogen (4.55% adb), oxygen (25.94% adb), carbon (65.33% adb), sulfur (2.54% adb) and nitrogen (1.64% adb). The optimal coal liquefaction yield with a reaction time of 60 minutes is 49%. The results of coal liquefaction did not change at the reaction time of 70 minutes and 80 minutes, respectively 49.01% and 49.02%. Coal with more lignite is more easily liquefied than sub-bituminous because coal has a higher hydroxyl group

DAYA TETAS DAN ABNORMALITAS LARVA IKAN NILA (Oreochromis niloticus) YANG DIPAPAR TIMBAL

 Ikan nila merupakan salah satu jenis ikan yang berpotensi terpapar polutan timbal. Walaupun demikian, penelitian terkait dampak paparan timbal terhadap daya tetas dan abnormalitas larva ikan nila masih belum diungkap. Oleh karenanya, penelitian ini bertujuan untuk mengkaji tingkat daya tetas dan abnormalitas larva ikan nila yang dipapar timbal. Rancangan penelitian terbagi kedalam empat perlakuan disertai dengan tiga ulangan untuk masing masing perlakuannya yaitu Perlakuan Kontrol, Perlakuan A (0,21 mg/L PbCl2), Perlakuan B (0,42 mg/L PbCl2) dan Perlakuan C (0,63 mg/L PbCl2). Masa pemaparan berlangsung selama sepuluh hari. Hasil penelitian menunjukkan bahwa paparan timbal klorida dengan konsentrasi lebih besar dari 0,42 mg/L telah menyebabkan terjadinya penurunan daya tetas telur. Persentase daya tetas terendah terdapat Perlakuan B yaitu 40,42±8,17 %. Disamping itu, paparan timbal klorida dengan konsentrasi 0,63 mg/L menyebabkan terjadinya peningkatann detak jantung dan laju malformasi larva ikan nila. Detak jantung larva ikan nila meningkat secara signifikan dari 91,37 detak/menit pada perlakuan kontrol menjadi 115,6 detak/menit pada perlakuan C. Bentuk malformasi larva ikan nila yang terpapar timbal yang teramati meliputi lordosis, kiposis dan pembentukan ekor. Paparan timbal tidak berdampak signifikan terhadap parameter kelangsungan hidup dan panjang larva ikan nila.